A jelenlegi hálózat kiépítése

A jelenlegi pálya kiépítése 1963-ban kezdődött a meglévő Gemenc-Keselyűsi vonal bővítésével és 1966-ra épült ki a 24 km hosszú pálya Pörböly és Keselyűs között. 1982-ben épült egy újabb 6 km-es szakasz Keselyűs és Bárányfok között, és így alakult ki a jelenlegi 30 km-es fővonal mely ma is üzemel.

1963-ban megépült a GemencKeselyűsi vonalból kiágazó, GemencÁsáduna felé vezető szárnyvonal meghosszabbítása a Szomfovai erdőrészig.

1964-1965 években épült a PörbölyNyárilegelő közötti 5 km hosszú szakasz.

1966-ban ezeket a vonalakat összekötötték, így kapcsolatot létesítettek a MÁV BajaBátaszék vonalával Pörböly állomáson. Az így kialakult 24 kilométer hosszú vonal Keselyűs és Pörböly között húzódott.

1968-ban megépült a Pörbölytől 10 km-re lévő elágazás a Szomfovai szárnyvonal 3 km hosszú pályája és az elágazásnál a deltavágány. A szárnyvonal jelenleg üzemen kívül van, a 3 km-es pályából 2 km-t még a nyolcvanas években felbontottak. A szárnyvonal kötötte be a fővonalba a Szomfovai erdészeti kolóniát. A vonal végpontja alig több mint egy kilométerre volt az ötvenes évek elején feltárt melegvizes forrástól, Bogra pusztától. A hetvenes évek elején felmerült a Szekszárdtól 10 km-re lévő melegvíz hasznosítása egy termálfürdő kiépítésével, de ezt később a megyei önkormányzat elvetette és helyette Dombóvár határában Gunarason épült ki egy hasonló melegvizes fürdő. Ez a döntés is hozzájárult a vonalon a forgalom megszüntetéséhez és a pálya részbeni felbontásához.

Az 1970-es évek végén, illetve az 1980-as évek végén felszámolták a mellékvonalakat, így például a Szomfovára és Alsógemencre vezetőket. Ugyanakkor 1982-ben meghosszabbították a fővonalat, az új végállomás a Pörbölytől 30 kilométerre levő Bárányfok lett. Ezáltal közelebb került a kisvasút vonala a megyeszékhelyhez, Szekszárdhoz.

A vasút életében egyre nagyobb tért hódított a személyszállítás, de a teherszállítás sem szűnt meg teljesen, a kisvasút napjainkban is évi 3-5000 m³ fát szállít.

Az 1990-es években számos jelentős változás is történt a kisvasút életében:

A pálya nagy részét felújították, jelenleg a fővonal teljes hosszában 23,6 kg/fm-es síneket alkalmaznak. Továbbra is problémát okoz azonban a puha, könnyen megsüllyedő ártéri talaj.
Az 1990-es évek elején a kisvasút valamennyi üzemelő C-50-es sorozatú mechanikus erőátvitelű mozdonyát hidraulikussá alakították Baján. A járművekben kicserélték a motort, teljesen megváltozott az erőátvitel, a vezetőállás, és kismértékben módosult a külső megjelenés is. A gépek a C24-400-as pályaszámcsoportból átkerültek a CDH24-400-asba.
1996-ban a CDH24-404-es pályaszámú mozdonyt a jászkiséri FKG Kft. telephelyére szállították, ahol újabb átalakításon esett keresztül. Ennek keretében gyakorlatilag csak a mozdony főkerete, futóműve és a fékberendezése maradt változatlan. A mozdonynak a kinézete megújuls. A korábbinál tágasabb vezetőállást kapott, jobb kilátást biztosító nagy ablakokkal. A géptér és az akkumulátorszekrény lejtős borítású lett. A motor Zetor Crystal gyártmányú, négyhengeres, turbófeltöltővel és kompresszorral van kiegészítve, teljesítménye 90 kW (120 LE). Az erőátvitel mechanikus, a tengelykapcsoló-pedál levegős rásegítéssel, olajjal működteti a tengelykapcsolót. A sebességváltó 5 fokozatú, az irányváltó megegyezik az eredeti C-50-esével. A homokoló, amely már a vezetőálláson kívül kapott helyet, levegővel működtethető. A mozdony 1997-ben állt újra forgalomba Gemencen C50Z-404 pályaszámon.
Az 1995-ben újjáépítették a Gemenci vonalat, Gemenc Duna-part állomást bekapcsolták a személyforgalomba. 1997-ben kettő db Bax kocsit vásároltak Kecskemétről.
2000. május 2-án a vasút története során először egy gőzmozdony érkezett a kisvasútra az erdélyi Borszékről. Az eredetileg APE MIN 1 pályaszámot viselő mozdony Magyarországon a 490,2003 pályaszámot, illetve a Rezét nevet kapta.
2001. május 1-től szombat - vasárnap menetrendi nosztalgia vonatok közlekednek Pörböly és GemencDunapart között.
2001. decemberében átadásra került a GemencDunapart megálló fejlesztése, kiépítésre került egy 400 m hosszúságú körbejáró kitérő és a hozzátartozó 100 m hosszú kihúzó és rakodó vágány, valamint egy új, 50 fő befogadására alkalmas esőbeálló, szabadtéri padok-asztalok, fajátszók és illemhely létesült. A GemencDunaparti fejlesztésekkel egy időben Keselyűs mh. is fejlesztésre került: itt 200 m hosszú egyoldali magasperon, esőbeálló és illemhely készült.

2002 -ben a Dunán levonuló árhullámok két alkalommal is súlyosan megrongálták az erdei vasút pályáját és a megállóhelyek létesítményeit. A március végén levonult árhullám következtében a 30 km pályából 14 km teljesen járhatatlanná vált és súlyos károk keletkeztek a 2001. decemberben átadott Gemenc-Dunapart megálló létesítményeiben is.

A tavaszi helyreállítási munkák mellett további fejlesztések is történtek. Májusban átadásra került a Lassi megállóhelyen kialakított pihenőpark és játszótér, és az augusztusi árhullám levonulása után elkészült a Malomtelelő mh. és tanösvény fejlesztéseként a meglévő magasperon 30 méteres meghosszabbítása, valamint kettő esőbeálló épült. Egyik esőbeálló a megálló peronján, míg a másik a tanösvény vasúttól legtávolabbi pontján nyújt menedéket, vagy pihenési lehetőséget a turistáknak.

Az augustusi árhullám a tavaszi árvíznél is súlyosabb károkat okozott a kisvasúti pályában és a berendezéseiben egyaránt. A pálya 23 kilométerénén szinte minden vágánymezőt kisebb-nagyobb mértékben alámosott a víz, és több szakaszon 3-400 méter hosszban teljesen elmosta a pályát. Szinte teljesen újra kellett építeni a Gemenc-Dunapart és Lassi megállókon kialakított pihenőparkokat.

2002. decemberéig a megállóhelyi létesítmények helyreállítása és a vasúti pálya PörbölyGemenc Delta közötti 19 km-es szakaszának helyreállítása megtörtént. A szokatlanul kemény téli hónapokban a helyreállítási munkák szüneteltek. Az újjáépítési munkák 2003. márciusban befejeződtek, és május 1-én a teljes menetrendi forgalom megindult.